由于无痛肠镜对人体存在刺激作用，进行无痛肠镜时需使用麻醉药物和其它药物的组合，如镇静和止痛的药物，这些将对人体造成副作用。副作用如下：
1、对呼吸或循环系统产生短暂性抑制作用；
2、在苏醒期，患者可出现疲倦、恶心、呕吐，或短时间内判断力的下降等。
总之，此类副作用属于可逆的，经短暂休息，麻醉药物完全代谢后，即可恢复到使用麻醉药物前的状态，患者无需担心。
