子宫腺肌症和子宫腺肌瘤的区别主要在于子宫腺肌症是子宫内膜侵入到子宫肌层，异位的子宫内膜弥漫性生长在子宫肌层，使子宫均匀性增大、肌层增厚。而子宫腺肌瘤是异位的子宫内膜组织在子宫肌壁间出现了局限性肿块，外形类似子宫肌瘤，但是没有子宫肌瘤所具有的包膜样组织存在，同时与周围的肌层没有明显分界；在镜下可见肌层内有岛状分布的子宫内膜腺体和间质，也是与子宫肌瘤病理上的不同。
另外，子宫腺肌症和子宫腺肌瘤患者的临床症状也不一样，子宫腺肌症主要是痛经；子宫腺肌瘤会继发子宫增大，也会导致子宫内膜体积增大、月经量增多、经期延长等临床症状。
