任何手术皆有一定风险。腕管综合征虽为小手术，但如果做手术，医生也会提前交代相应并发症、风险性，如麻醉风险、切口感染风险，这些为所有手术都可能存在的风险。对于腕管综合征手术本身，因是非常精细的手术，多在显微镜下进行，相对风险小。但做腕管综合征手术时，需注意正中神经的返支，返支从正中神经边缘分出，但位置不恒定，多数情况在腕管远端，但个别病人也会出现中部甚至近端发出的情况。
做手术时要注意保护正中神经的返支，如果正中神经返支没有得到良好保护，在术中牵拉甚至切断，后果较严重，会造成大鱼际肌萎缩，甚至局部麻木症状不能得到缓解。危险性为墩柱区疼痛，因瘢痕在手掌根部，而手掌应用较多，特别对有瘢痕体质的病人。做完手术后，局部瘢痕组织增生，局部肥厚且有疼痛表现。
