大部分病人均适合做无痛胃肠镜检查，没有特别明显的绝对禁忌症，但出现以下情况时需谨慎检查：
1、急性咽炎患者做无痛胃镜后，可能有明显黏膜损伤、出血风险；
2、心肺功能较差、脑出血急性期、特殊的病人，如精神病人，精神病人长期使用精神病药，麻醉有风险。如果精神病人在可控范围内，且愿意进行麻醉，可做无痛胃镜；
3、若病人有明显穿孔，需专业医生评估是否可以进行肠镜；
4、心脏附近大血管有动脉瘤，动脉瘤已粘连、压迫食管，对于这类病人要小心操作，可能会引起动脉瘤破裂，一定要慎重；
5、孕妇通常无需进行这项检查；
6、常见的肠梗阻或者穿孔，但不能一概而论，因为胃肠镜一部分功能是检查，另一部分功能是治疗，穿孔和肠梗阻可通过内镜进行治疗。
