原发性肝内胆管细胞癌常见的鉴别主要如下：
1、跟原发的肝内肝细胞肝癌鉴别，原发性肝细胞肝癌患者都有不同程度的肝硬化背景，患者往往因为乙肝导致的肝硬化、酒精肝，或者不明原因导致的肝硬化。在这种背景上出现肝脏肿瘤，而且肿瘤的影像学特点，如在CT或磁共振上在动脉期强化明显，随着时间的延续造影剂快速消除，这种情况称为原发性肝细胞肝癌；胆管细胞癌患者基本没有肝硬化，往往都是正常肝脏，而且患者也没有各种肝炎导致的肝硬化疾病；
2、良性病变，如肝脓肿，有时原发性肝胆管细胞癌和肝脓肿需要进行鉴别，但是肝脓肿患者往往会伴有较严重的高烧，有时患者有脓腔，在影像学检查时可见脓腔。
